采用實時熒光PCR技術,針對致瀉大腸埃希氏菌(DEC)特異性基因設計引物和探針。PCR擴增過程中,與模板結合的探針被Taq酶分解產生熒光信號,熒光定量PCR儀根據檢測到的熒光信號繪制出實時擴增曲線,從而實現致瀉大腸埃希氏菌(DEC)在核酸水平上的菌株鑒定。
1、核酸提取????????
加熱法:刮取一環(huán)菌落,懸浮于100μL的無菌水中,漩渦震蕩10s(如果菌落未能均勻分散,可適當延長震蕩時間),95℃或沸水浴5min,冷卻至室溫,12000rpm離心5min,吸取上清。
試劑盒法:可使用商品化的試劑盒提取細菌的基因組DNA。
2、反應體系配置
從試劑盒中取出預混液,充分融化,渦旋后短暫離心,取20μL置于PCR管或PCR板中,然后各取模板5μL分別加入PCR管或PCR板中(每種模板要使用五種預混液),蓋好管蓋或板膜,短暫離心,立即進行PCR擴增反應。
3、PCR擴增???????
PCR管或PCR板置于PCR儀上,推薦反應程序設定如下:反應體系為25μL,在第二步每個循環(huán)60℃時檢測熒光信號,檢測通道選擇FAM、HEX(VIC)、CY5。
第一步 | 第二步 | ||
1個循環(huán) | 40個循環(huán) | ||
95℃ | 95℃ | 60℃√ | 72℃ |
5min | 15s | 30s√ | 30s |
注:使用ABI系列PCR儀器,如果不添加ROX,“passive reference”和 “quencher”均選擇“none”。